In einer Konfigurationsdatei (mit der Endung *.he5) werden alle aufgabenspezifischen Einstellungen von HPET (Zeitraum und Zusammenstellung der Ephemeriden, Ort, Spaltenüberschriften, aktuelle verwendete Bahnelemente für Asteroiden und Kometen, Einstellungen für die Planetentheorien usw.) abgelegt. Sie lassen sich damit rasch sichern und wiederherstellen.
Eine Datei autoexec.he5, die im Unterverzeichnis config des Programmverzeichnisses von HPET (…\Roaming\HPET5) liegt, wird bei jedem Programmstart automatisch geladen.